| ||||| LISTE DE PROGRAMMES ET OUTILS UTILISÉS EN CRISTALLOGRAPHIE |
||||| |
[7ZIP] -
[CFGUI] -
[CRYSCALC] -
[CRYSTALEXPLORER] -
[CRYSTALS] -
[DIAMOND] -
[DXTOOLS] -
[EDMA] -
[ENCIFER] -
[FOX] -
[FULLPROF] -
[JANA] -
[JAVA] -
[MERCURY] -
[MOPRO] -
[NOTEPAD++] -
[OLEX2] -
[ORTEP] -
[OPENBABEL] -
[POVRAY] -
[PLATON] -
[PUBLCIF] -
[PYMOL] -
[SHELX] -
[SIR] -
[SUPERFLIP] -
[VESTA] -
[WINGX] -
[WINPLOTR] -
CRYSCALC : calculette cristallographique [T. Roisnel, Rennes]
| Site | www.cdifx.univ-rennes1.fr/cryscalc |
||
| Téléchargement | www.cdifx.univ-rennes1.fr/progs/cryscalc/cryscalc.exe |
CrystalExplorer : Get to know your crystal structures
| Site | http://crystalexplorer.scb.uwa.edu.au/ |
||
| Téléchargement | http://crystalexplorer.scb.uwa.edu.au/downloads.html |
CRYSTALS : Affinement structural [D. Watkin Group, Dep. of Chemistry, Oxford]
| Site | http://www.xtl.ox.ac.uk/tag/crystals-release.html |
||
| Téléchargement | http://www.xtl.ox.ac.uk/download/crystals-b1440b-Jan12-setup.exe |
DIAMOND : Crystal and Molecular Structure Visualization [CRYSTAL IMPACT]
| Site | http://www.crystalimpact.com/diamond/Default.htm |
||
| Téléchargement (demo version) | http://www.crystalimpact.com/diamond/download.htm |
DxTools : Processing XRD data files recorded with the Bruker D8 diffractometer [A. Boulle, Limoges]
| Site | https://aboulle.github.io/DxTools/ |
enCIFer : éditeur de fichiers .CIF [CCDC, Oxford]
| Site | http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ |
||
| Téléchargement | http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/downloads/enCIFer_1.4/download.php4 |
FOX : Détermination structurale à haute et moyenne résolution pour poudres et mono-cristaux [V. Favre-Nicolin, Grenoble]
| Site | http://vincefn.net/Fox/ |
||
| Téléchargement | http://vincefn.net/Fox/Download |
FULLPROF : Affinement de structures (cristallines et magnétiques), analyse de profils, ... [J. Rodiguez-Carvajal, Grenoble]
| Site | ill.eu/sites/fullprof/ |
||
| Téléchargement | ill.eu/sites/fullprof/php/downloads.html |
JANA2006 : Affinement de structures "normales" et modulées [V. Petricek, Prague]
| Site | http://jana.fzu.cz/ |
||
| Téléchargement | http://jana.fzu.cz/#download |
Mercury (Visualisation de structures) [CCDC, Oxford]
| Site | http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ |
||
| Téléchargement | http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/mercury/downloads/Mercury_2.4/download.php4 |
MOPRO : Affinement structural à l'échelle atomique et subatomique [crm2, Nancy]
| Site | http://www.crystallography.fr/crm2/fr/labo/equipes/emqc/mopro.html |
||
| Téléchargement | http://www.crystallography.fr/crm2/fr/labo/equipes/emqc/mopro-download.html | ||
| Exemple de données | gz_trf.zip | ||
| Tutorial "MOPRO database transfert" (A. van der Lee) |
MOPRO_database_transfer_tutorial_AvdL.pdf |
OpenBabel : Outil de conversion de fichiers
| Site | http://openbabel.org/wiki/Main_Page |
||
| Téléchargement | http://openbabel.org/wiki/Get_Open_Babel |
POVRAY : Persistence of Vision Raytracer
| Site | http://www.povray.org/ |
||
| Téléchargement | http://www.povray.org/download/ |
Superflip et EDMA : résolution structurale par la méthode de "Charge Flipping" [L. Palatinus, Prague]
| Site | http://superflip.fzu.cz/ |
Il est à noter que ces deux programmes sont inclus dans les dernières distributions de WinGX et CRYSTALS, bien qu'il y ait un décalage entre la dernière version de Superflip et celle dans les distributions.
Interfaces pour Superflip et EDMA
| CFGUI [A. van der Lee, Montpellier] | http://vdlee.free.fr/cfgui/cfgui.html |
||
| OLEX2 [OlexSys, Durham] | http://www.olexsys.org/ |
||
| CRYSTALS [D. Watkin, Oxford] | http://www.xtl.ox.ac.uk/crystals.1.html |
||
| WinGX [L. Farrugia, Glasgow] | http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/wingx/ |
OLEX2 : Résolution et affinement structural [OlexSys, Durham]
| Site | http://www.olex2.org/ |
||
| Téléchargement | http://www.olex2.org/download |
||
| Article | OLEX2: a complete structure solution refinement and analysis program (J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339-441) |
ORTEP : Visualisation structurale [Burnet & Johnson, Oak Ridge/ L. Farrugia, Glasgow]
| Site (ORTEP-3 for Windows) | http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/ortep/index.html |
||
| Téléchargement | http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/downloads/ortep_2014.1.zip |
PLATON : Boîte à outils cristallographique [T. Spek, Utrecht]
| Site de PLATON | https://www.platonsoft.nl/ |
||
| PLATON pour Windows | http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/ |
||
| PLATON : documentation | PLATON-MANUAL.pdf (T. Spek) |
||
| PLATON : tutorial | PLATON_hints.pdf (M. Rolland, A. Van der Lee) |
||
| PLATON : how to's | PLATON_HOW_TO.pdf (T. Spek) |
||
| PLATON en ligne de commande | http://xray.tamu.edu/pdf/notes/how_to_run_platon_cl.pdf |
publCIF : Aide à la préparation de fichiers CIF pour publication (Acta C, E)
| Sites |
http://www.iucr.org/resources/cif/software/publcif http://journals.iucr.org/services/cif/publcif/ |
||
| Téléchargement | http://journals.iucr.org/services/cif/publcif/#download |
PYMOL : View of 3D molecular structures
| Site |
http://www.pymol.org/ | ||
| Wiki Pymol | http://www.pymolwiki.org/index.php/Main_Page |
SHELXL : Affinement de structures "normales" [G. Sheldrick, Göttingen]
| Site | http://shelx.uni-goettingen.de/ |
||
| Downloads and codes | http://shelx.uni-goettingen.de/download.php |
||
| SHELXL-97 Quick reference manual | shelxl_cards.pdf |
||
| SHELX tutos | http://shelx.uni-goettingen.de/tutorials.php |
||
| SHELX workshop (ACA meeting 2016) | http://shelx.uni-goettingen.de/workshops.php |
SIR : Résolution structurale par les méthodes directes [Istituto di Cristallografia, Bari]
| Site | http://www.ic.cnr.it/ic4/software/ |
Utilitaires
| Compacteur 7-Zip | http://www.7-zip.org/ |
||
| Editeur Notepad++ | http://notepad-plus-plus.org/fr/ |
||
| Java | http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp |
VESTA : Visualisation de structures [K. Momma, F. Izumi, Tsukuba]
| Site | http://jp-minerals.org/vesta/en/ |
||
| Téléchargement | http://jp-minerals.org/vesta/en/download.html |
||
| Remarque | Pour interfacer VESTA avec JANA, il faut, dans JANA, aller dans la rubrique "Tools --> Programs / Graphics viewer" et définir
le chemin d'accès de VESTA.exe. Il est également possible de procéder de la même manière pour "3d visualization of maps". |
WINGX : Interface graphique [L. Farrugia, Glasgow]
| Site | http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/wingx/ |
||
| Téléchargement | http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/wingx/download.html |
WINPLOTR : visualisation et analyse de diagrammes de diffraction sur poudres [T. Roisnel, Rennes]
| Site | www.cdifx.univ-rennes1.fr/winplotr |
||
| Téléchargement | www.cdifx.univ-rennes1.fr/winplotr/winplotr_frm_downloads.htm |