Invarioms

  _Problème [AvdL]

J'aimerais avoir votre avis sur l'utilisation des 'invarioms' pour un affinement structural (mono-cristal). La différence principale entre un affinement 'normal' et un affinement 'invariom' est qu'un affinement normal est basé sur des facteurs de diffusion sphériques (spherical independent-atom model), tandis qu'un affinement invariom utilise des facteurs de diffusion non-sphériques en fonction de l'environnement d'un atome. Je crois comprendre qu'un affinement invariom n'est pas identique à un affinement multi-pole et qu'il ne nécessite pas forcement des données à très haute résolution. Les textes fondateurs sont ici:
http://dx.doi.org/10.1002/anie.200353596
et
http://dx.doi.org/10.1107/S090744490602899X>
Qui a de l'expérience?

• [CJ] notre laboratoire Nancéen travaille justement dans ce domaine. Nous avons développé une librairie ELMAM (similaire à Invariom) décrivant la densité électronique multipolaire des fonctions chimiques communes ainsi qu'un logiciel associé (MoPro).
  L'utilisation de facteurs de diffusion asphériques permet de faire baisser le facteur de R de 0.5 a 1% en valeur absolue. L'on affine que les paramètres structuraux et pas la densité électronique qui reste fixée à la librairie. L'amélioration est particulierement prononcée pour des structures de bonne qualite et à basse temperature (T=100K).
  Une interface sera prochainement créée sur le site web du laboratoire pour que les utilisateurs puissent affiner leur structure.
  
  Voici quelques références:
  • Acta Cryst. (2011). B67, 63-78
    Structural analysis and multipole modelling of quercetin monohydrate - a quantitative and comparative study
    S. Domagala, P. Munshi, M. Ahmed, B. Guillot and C. Jelsch
  • Acta Cryst. (2007). A63, 108-125 On the application of an experimental multipolar pseudo-atom library for accurate refinement of small-molecule and protein crystal structures
    B. Zarychta, V. Pichon-Pesme, B. Guillot, C. Lecomte and C. Jelsch
  
  Un exemple d'application:
  
  • Acta Cryst. (2010). C66, o292-o294
    5-(3,4-Dimethoxybenzyl)-7-isopropyl-1,3,5-triazepane-2,6-dione acetonitrile solvate refined using a multipolar atom model
    K. Ejsmont, J. Boeglin, C. Didierjean, G. Guichard and C. Jelsch
  
  Le site du logiciel est:
  http://www.crystallography.fr/crm2/fr/labo/equipes/emqc/mopro-download.html