Cas de macles par non-mérohédrie

  _Problème [JJ]

• [AvdL] S'il s'agit d'un fichier hklf5 il faut le rentrer comme fichier hklf5 dans le fichier .ins. Mais, à mon avis, il n'y a pas de carte TWIN à donner, mais uniquement une carte BASF. On n'a pas besoin de la matrice qui relie les deux domaines, car cette information est implicitement codée dans la structure du fichier hklf5. Que les professionnels de Shelx me corrigent .

  
  

• [EJ] En effet les instructions HKLF 5 et BASF sont suffisantes pour une macle non meriedrique. HKLF5 est équivalent à HKLF 4 + TWIN. Par contre l'instruction HKLF 5 force MERG 0.

  
  

• [AvDL] Oui, c'est vrai, on ne moyenne pas si on fait des macles non-méréodriques. Donc on ne va pas avoir une valeur pour Rint (ou si, 0.00) dans le fichier cif ? Jusqu'à l'an dernier le programme de réduction de données d'Oxford Diffraction - il faut parler maintenant d'Agilent Technologies - sortait deux fichiers hklf5, un moyenné et l'autre non-moyenné. Actuellement c'est uniquement le fichier moyenné qui sort et qu'il faut utiliser pour l'affinement derrière. Le Rint doit être rentré à la main dans le fichier cif final. Bruker fait pareil?

  
  

• [EJ] J'utilise maintenant aussi des données d'Oxford Diffraction. Je ne sais pas comment la suite logicielle Bruker gère les macles. Joël semble utiliser EVALCCD et il est possible de créer un fichier moyenné en passant par le programme ANY avec l'instruction hklf5merge : http://www.crystal.chem.uu.nl/distr/eval/documentation/ytools/doc/any.html

  
  

• [TR] Dans la suite APEX2 de chez Bruker-AXS, après avoir trouvé les matrices correspondant aux différents individus avec le programme CELL_NOW, la réduction des données est réalisée avec le programme TWINABS de G. Sheldrick qui permet de générer un fichier au format HKLF5, contenant des intensités mergées (défaut) ou non. Tout ceci marche plutôt bien. Des détails sur le programme TWINABS peuvent être trouver à l'adresse :
  http://www.chem.tamu.edu/xray/pdf/manuals/twinabs.pdf
  Concernant le Rint, je suis un peu perplexe sur la façon de calculer le Rint car ne devrait-il pas normalement tenir compte du taux de maclage (paramètre affinable) ? Apparemment, SHELXL ne semble pas calculer ce Rint dans le cas de ce type d'affinement avec HKLF5.

  
  

• [AvdL] Des programmes comme TWINABS ou l'équivalent dans CrysAlis d'Agilent font également une estimation de la valeur de BASF qui n'est pas très loin de la valeur affinée par Shelx ou CRYSTALS et en tiennent compte - je pense - pour leur calcul de Rint. Voici un bout de l'output de CrysALis:

  
  ==============================================================================
  HKLF 5 merged
  RINT ANALYSIS FOR OVERLAPPED REFLECTIONS
   Components measured    kept     unique redundancy F2/sig(F2) Rint  Rsigma
  ------------------------------------------------------------------------------
  1,2           5869      5263      3089     1.70     81.92     0.044 0.009
  
  
  RINT ANALYSIS FOR ISOLATED REFLECTIONS
   Component measured     kept     unique redundancy F2/sig(F2) Rint  Rsigma
  ------------------------------------------------------------------------------
       1        2879      2611      1532     1.70     78.70     0.025  0.009
       2        2868      2612      1521     1.72     62.74     0.031  0.012
  =================================================================================
  

  Je mets cette partie intégralement dans le fichier cif dans un champ:

  _diffrn_oxdiff_twin_details

  tant qu'il n'y a pas encore des champs définis pour les macles (mais ça vient bientôt)

  
  

• [TR] et son équivalent dans le fichier de sortie de TWINABS :

   Statistics for singles for twin component  1
   --------------------------------------------
    Run 2-theta  R(int)  Incid. factors  Diffr. factors    K     Total I>2sig(I)
      1   15.5  0.0253   0.960 - 1.025   0.913 - 1.216   0.793    4032    3658
      2   13.0  0.0274   0.923 - 1.044   0.710 - 1.188   0.821     592     529
  
  
   Statistics for singles for twin component  2
   --------------------------------------------
    Run 2-theta  R(int)  Incid. factors  Diffr. factors    K     Total I>2sig(I)
      1   15.5  0.0550   0.960 - 1.025   0.904 - 1.192   1.143    3871    3047
      2   13.0  0.0696   0.923 - 1.044   0.743 - 1.176   1.167     591     434
  
  
   Statistics for all composite reflections
   ----------------------------------------
    Run 2-theta  R(int)  Incid. factors  Diffr. factors    K     Total I>2sig(I)
      1   15.5  0.0248   0.960 - 1.025   0.904 - 1.227   0.858    3912    3745
      2   13.0  0.0317   0.923 - 1.036   0.744 - 1.252   0.913     739     713
  
  
   Statistics for all single and composite reflections
   ---------------------------------------------------
    Run 2-theta  R(int)  Incid. factors  Diffr. factors    K     Total I>2sig(I)
      1   15.5  0.0289   0.960 - 1.025   0.904 - 1.227   0.948   11815   10471
      2   13.0  0.0344   0.923 - 1.044   0.710 - 1.252   0.976    1922    1685
  

  mais j'avoue avoir un peu de mal à en extraire la bonne valeur du Rint. Quelle est entre autres la signification du numero de Run ?

  
  

• [AvdL] Je pense que ton enregistrement était composé de 2 runs, chacun à 2theta, kappa, phi constant - et dans chaque run des frames à omega différent (si ce sont des omega-scans). Les statistiques sont tout simplement celles de chaque run individuel. Il n'y a pas de statistiques globales dans le fichier? sinon il faut ponderer toi-même: Rint(global) = (N1 * Rint1 + N2 * Rint2)/(N1+N2) Je ne sais pas si c'est 100% correct comme ça.
  Comment font les autres adhérents de RECIPROCS quand ils doivent rapporter la valeur de Rint dans leur fichier cif pour une structure maclée?