| ||||| Atelier ЯÉCIPROCS : 13 - 14 nov. 2017, Lille |
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"Résolution de structures sur poudres et/ou monocristal : trucs et astuces avec SHELXT et SUPERFLIP"
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INSTALLATION DES PROGRAMMES
Les participants à la formation sont invités à apporter avec eux un ordinateur portable pour les travaux pratiques. Afin de ne pas perdre de temps sur place, il est conseillé de télécharger et d'installer au préalable les programmes suivants:
[SHELXT] -
[SUPERFLIP/EDMA] -
[JANA]
[CHIMERA] -
[PLATON] -
[MCE] -
[DIAMOND] -
[MERCURY] -
[VESTA]
[CRYSCALC] -
[NOTEPAD++] -
[7-zip]
SHELXT : résolution structurale (G. Sheldrick, Univ. Gottingen)
| Site de SHELXT | http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/shelxt_keywords.php |
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| Téléchargement | SHELXT |
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| Remarque | SHELXT doit être installé dans un répertoire accessible via la variable d'environnement PATH
afin de pouvoir être éxécuté à partir de n'importe quel dossier à l'invite de commande. Pour de plus amples informations sur la définition d'une variable d'environnement sous Windows, l'utilisateur peut consulter le tutoriel de WinGX ou bien le document ICI. |
SUPERFLIP et EDMA : résolution structurale par la méthode de "Charge Flipping" [L. Palatinus, Prague]
| Site de SUPERFLIP | http://superflip.fzu.cz/ |
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| Téléchargement | SUPERFLIP |
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| Notices | SUPERFLIP EDMA |
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| Remarque | SUPERFLIP et EDMA doivent être installé dans un répertoire accessible via la variable d'environnement PATH
afin de pouvoir être éxécuté à partir de n'importe quel dossier à l'invite de commande. Pour de plus amples informations sur la définition d'une variable d'environnement sous Windows, l'utilisateur peut consulter le tutoriel de WinGX ou bien le document ICI. |
JANA2006 : Affinement de structures "normales" et modulées [V. Petricek, Prague]
| Site | http://jana.fzu.cz/ |
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| Téléchargement | http://jana.fzu.cz/#download |
CHIMERA : visualisation des histogrammes
| Site | https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ |
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| Téléchargement | https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html |
PLATON : Boîte à outils cristallographique [T. Spek, Utrecht]
| Site de PLATON | http://www.cryst.chem.uu.nl/platon/ |
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| PLATON pour Windows | http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/ |
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| PLATON : documentation | PLATON-MANUAL.pdf (T. Spek) |
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| PLATON : tutorial | PLATON_hints.pdf (M. Rolland, A. Van der Lee) |
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| PLATON : how to's | PLATON_HOW_TO.pdf (T. Spek) |
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| PLATON en ligne de commande | http://xray.tamu.edu/pdf/notes/how_to_run_platon_cl.pdf |
CRYSCALC : calculette cristallographique [T. Roisnel, Rennes]
| Site | www.cdifx.univ-rennes1.fr/cryscalc |
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| Téléchargement | www.cdifx.univ-rennes1.fr/progs/cryscalc/cryscalc.exe |
MCE - Marching Cube ELD (Visualisation de Fourier 3D)
| Site | https://sourceforge.net/projects/mce-marching-cube-eld |
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| Téléchargement | https://sourceforge.net/projects/mce-marching-cube-eld/files/latest/download |
DIAMOND [Crystal Impact]
| Site | http://www.crystalimpact.com/diamond/10years.htm |
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| Téléchargement | http://www.crystalimpact.com/download/diamond4/Diamond-4.4.1-Setup.exe |
Mercury (Visualisation de structures) [CCDC, Oxford]
| Site | http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ |
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| Téléchargement | http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/mercury/downloads/Mercury_2.4/download.php4 |
VESTA : Visualisation de structures [K. Momma, F. Izumi, Tsukuba]
| Site | http://jp-minerals.org/vesta/en/ |
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| Téléchargement | http://jp-minerals.org/vesta/en/download.html |
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| Remarque | Pour interfacer VESTA avec JANA, il faut, dans JANA, aller dans la rubrique "Tools --> Programs / Graphics viewer" et définir
le chemin d'accès de VESTA.exe. Il est également possible de procéder de la même manière pour "3d visualization of maps". |
