ЯÉCIPROCS > Réunions / ANF > 17-21 Octobre 2023 (Gréoux) > Installation des programmes et exercices

  ||||| Réunion ЯÉCIPROCS : 5 - 9 juin 2023 (Gréoux-les-Bains)
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Résolution et affinement de structures cristallines : méthodes avancées

(Chateau Laval, Gréoux-les-Bains)





INSTALLATION DES PROGRAMMES et EXERCICES

Les participants à la formation sont invités à apporter avec eux un ordinateur portable pour les travaux pratiques.

Afin de ne pas perdre de temps sur place et pour un bon déroulement des sessions pratiques, il est vivement recommandé aux participants de télécharger, d'installer ainsi que tester au préalable le bon fonctionnement des programmes suivants:

[EXPO] - [JANA2020] - [MOPRO] - [NOSPHERA2 / ORCA] - [OLEX2] -
[SHELX] -
[NOTEPAD++] - [7-zip]





EXPO: Résolution structurale à partir de données de diffraction sur poudre [Inst. cristallografia, Bari]

Site https://www.ic.cnr.it/software/expo/

Téléchargement (après enregistrement) https://www.ba.ic.cnr.it/softwareic/expo/expo2014-download/

   
Exercices https://cloud.ba.cnr.it/index.php/s/2qG3ifbnydaCYJD/download



JANA2020 : Affinement de structures [V. Petricek, Prague]

Site http://jana.fzu.cz/

Téléchargement http://jana.fzu.cz/#download

Téléchargement (sur RECIPROCS MyCORE) Jana2020Inst.zip



MOPRO : Affinement structural à l'échelle atomique et subatomique [CRM2, Nancy]

Site https://www.crystallography.fr/lab/fr/software/mopro/

Téléchargement (libre, après identification) https://crm2.univ-lorraine.fr/lab/fr/software/mopro/download-mopro/

Practicals MoPro_Practicals_ANF_Reciprocs_2023.zip



NoSpherA2 : Non-Spherical Atomic Form Factors in Olex2 / ORCA

Installation des programmes Quelques conseils pour installer Olex2, ORCA et MPI



Site https://www.olexsys.org/olex2/docs/nosphera2/faq/nosphera2_orca/

ORCA Forum (libre, après enregistrement) https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal

ORCA, vous avez dit ORCA ? ORCA (quantum chemistry program)



Téléchargement de ORCA pour Windows part 1/3 (orca_5_0_2_win64_msmpi10_part1.zip ; 3.16 GiB)

part 2/3 (orca_5_0_2_win64_msmpi10_part2.zip ; 2.25 GiB)

part 3/3 (orca_5_0_2_win64_msmpi10_part3.zip ; 2.69 GiB)

MPI pour Windows (pour le calcul parallèle) Microsoft MPI v10.1.2



Téléchargement de ORCA pour Linux part 1/3 (orca_5_0_2_linux_x86-64_openmpi411_part1.tar.xz ; 2.56 GiB)

part 2/3 (orca_5_0_2_linux_x86-64_openmpi411_part2.tar.xz ; 1.77 GiB)

part 3/3 (orca_5_0_2_linux_x86-64_openmpi411_part3.tar.xz ; 3.24 GiB)



Téléchargement de ORCA pour MacOS X Intel orca_5_0_2_macosx_intel_openmpi411.tar.xz (237.61 MB)

Téléchargement de ORCA pour MacOS X Arm64 orca_5_0_2_macosx_arm64_openmpi411.tar.xz (204.29 MB)

MPI pour MacOS (pour le calcul parallèle) MPI openmpi-4.1.4.tar.gz



Remarques Il est nécessaire de modifier la variable d'environnement PATH en y ajoutant (en début de PATH) les répertoires où ont été installés ORCA (ex: d:\progs\ORCA) ainsi que MPI (ex: C:\Program Files\Microsoft MPI\Bin).



OLEX : Résolution et petites molécules [OlexSys]

Site https://www.olexsys.org/olex2/

Téléchargement (libre, après identification) https://www.olexsys.org/olex2/docs/getting-started/installing-olex2/ (alpha version)



SHELX : Résolution et affinement de structures [G. Sheldrick, Göttingen]

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Site http://shelx.uni-goettingen.de/

Downloads and codes http://shelx.uni-goettingen.de/download.php

SHELXL-97 Quick reference manual shelxl_cards.pdf

SHELX tutos http://shelx.uni-goettingen.de/tutorials.php

SHELX workshop (ACA meeting 2016) http://shelx.uni-goettingen.de/workshops.php



VESTA : Visualisation de structures [K. Momma, F. Izumi, Tsukuba]

Site http://jp-minerals.org/vesta/en/

Téléchargement http://jp-minerals.org/vesta/en/download.html

Remarque Pour interfacer VESTA avec JANA, il faut, dans JANA, aller dans la rubrique "Tools --> Programs / Graphics viewer" et définir le chemin d'accès de VESTA.exe. Il est également possible de procéder de la même manière pour "3d visualization of maps".



Utilitaires

Editeur Notepad++ https://notepad-plus-plus.org/downloads/v8.4.6/

7-zip (dé)compacteur





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